El título es la secuela directa del primer Silent Hill y toma lugar diecisiete años después de los eventos de dicha historia. Silent Hill 3 se centra en una chica adolescente llamada Heather quien es arrastrada a la extraña realidad del «Otro Mundo» después de experimentar un evento aterrador en un centro comercial. Ella termina descubriendo que es parte del plan de La Orden de Silent Hill, y se encuentra a sí misma atrapada en un                                                               conflicto dentro del culto.