Gun se ambienta en el Viejo Oeste Americano, con un ambiente poblado que se extiende desde las montañas nevadas, a las llanuras de la joven Dodge City, Kansas. El juego empieza con una escena corta mostrando la segunda expedición de Coronado. Después se traslada 300 años después a Montana. Colton White y su padre Ned están cazando para ganarse la vida a lo largo del río Missouri. Después de salvar a Ned de un oso pardo gigante, Colton y Ned abordan un buque de vapor, el Morning Star, para vender sus pieles y carne, al parecer Ned conoce a Sadie, una prostituta, y tiene una razón misteriosa para abordar. De repente, un predicador corrupto llamado Reed aparece y asesina a Sadie, luego manda a una banda de soldados renegados convertidos                                                          en salvajes a atacar el buque de vapor.